Oyuna elf Warden ile başlıyoruz. İllidan okyanusun altından yarı balık insanlar olan Naga ırkını çıkarıp onlara hükümdarlık yaparak dünyaya gelmiş ve tarafsız bir yere geçmiştir. Fakat elfler tarafından hain olarak görülmüştür. Warden ile elfleri kullanarak İllidan'ın peşine düşüyoruz. Fakat Tyrande ve Furion, Warden'i durduruyor ve İllidan'la konuşarak Nagaların elflere saldırmamasını istiyor. Fakat Warden, İllidan'ın peşinden gidiyor. Oyuna insanlarla devam ediyoruz. Genç prens Quel'Thalas ile undeadlere karşı savaş yaparak başlıyoruz. Ama ilerlerde İllidan ile tanışıp komutanımınız emrinden çıkarak kendi bölüğümüzle Naga'nın emrie giriyoruz. İllidan'ı Warden'den kurtarıyoruz. Sıra undeadlere geldiğinde Archimonde'u diriltip ortadan kaybolan Arthas ve Kel Thuzad ile giriyoruz. İnsanların yaşadığı yerlerini egemenliğine alan 3 dreadlord'u öldürüp undead ırkının krallığına Arthas ile geçiyoruz. Ama Arthas'ın amacı, Frozen Throne'a hapsedilmiş Lich King'in gücünü kullanmak. Bunun için buz dağlarına gidiyoruz. Orda aynı amaç için gelmiş İllidan ve Naga ile karşılaşıyoruz ve sürekli bir savaş içinde oluyoruz. Oyunun en sonunda Frozen Throne'da hapsedilen Lich King'in bulunduğu yerin kapısında Arthas ve İllidan kapışıyorlar. İllidan, göğsüne Arthas'ın sihirli kılıcıyla bir darbe alıyor ve savaşamıyacak hale geliyor. Arthas ise Lich King'in zırhını takarak güçlerine efsanevi büyünün güçlerini de katıyor.